Рабочим органом гимназии является управляющий совет. Формами общественного самоуправления гимназии являются его педагогический, попечительский, методический советы, совет старшеклассников и родительский комитет. Их деятельность регулируется положениями и локальными актами гимназии. Гимназия реализует программы начального общего и основного общего и среднего общего образования, а также дополнительные образовательные программы духовно-нравственной направленности. В гимназии организована внеурочная деятельность. Работает школа будущего первоклассника, которую посещают от 15 до 20 человек.Учебный план гимназии разработан на основе федерального базисного учебного плана. В части учебного плана формируемого участниками образовательных отношений находятся учебные предметы: «Основы православной веры», "Церковное пение", «Церковно – славянский язык», "Древнегреческий язык", которые реализуют специфику православного учреждения, его духовную направленность. Учебно-воспитательный процесс в гимназии полностью обеспечен учебной, учебно-методической и художественной литературой. В 2008 году гимназия стала обладателем губернаторского гранда среди негосударственных образовательных учреждений. Гимназия осуществляет реализацию социальных проектов, соответствующих приоритетным направлениям развития образовательной системы РФ : летний лагерь «Благовест», который направлен на оздоровительный отдых при Православной гимназии, детей с различным уровнем социально-культурного, духовно-нравственного и физического развития. Проект предполагает сочетание летнего оздоровительного отдыха детей с их духовно-нравственным воспитанием, основанным на лучших российских педагогических традициях. Он позволяет получить в летнее время рабочие места педагогическим кадрам и старшеклассникам города.
Для учащихся организуются обзорные экскурсии по городу, на предприятия газовой промышленности (Линейно-производственное управление), телестудию «Норд» и т.д. В режиме внеурочной работы воспитанники посещают занятия на лыжной базе, плавания, на базе физкультурно-оздоровительного комплекса «Норд». Основное направление организации внеклассной воспитательной работы связано с духовно-нравственным воспитанием гимназистов. С этой целью организуются праздники, утренники, классные часы, линейки и т.д., посвященные церковным православным праздникам. Воспитанники гимназии несут послушания в храме во время богослужений на клиросе, в алтаре и у подсвечников. В гимназии организованы кружки: «Умники и умницы», «Развитие речи», «Ниточка иголочка», «Алмазная вышивка», «Фабрика игрушек», «В гостях у звуков» «Путь война», «Юный водитель», «Свет каждому», «Жемчужина вселенной» и т.д. с проведением различных смотров и конкурсов.
За все время работы гимназия накопила драгоценный опыт по духовно-нравственному воспитанию личности. Это позволяет результативно использовать опыт православной педагогики и дополнять содержание работы новыми технологиями и методиками обучения и воспитания, обеспечивая совершенно уникальное, (но не исключительное) направление в системе инновационного образовательного движения в Российской Федерации.
